Τρεις ενότητες.

Το βιβλίο χωρίζεται σε τρεις ενότητες, καθεμιά από τις οποίες εγείρει ερωτήματα και φέρεται να τα απαντάει μέσω αντεπιχειρημάτων. Υπάρχει ελάχιστο πρωτότυπο υλικό στο βιβλίο· αποτελεί βασικά μια κωδικοποίηση υπαρχόντων πεποιθήσεων και πρακτικών. Σημαντικά μέρη του βιβλίου λήφθηκαν από προγενέστερα έργα, όπως το Directorium Inquisitorum (1376) του Νικολάου Άιμεριχ (Nicolau Aymerich) ή το Formicarius (1435) του Γιοχάνες Νίντερ (Johannes Nider).

Το πρώτο μέρος αποσκοπεί στο να αποδείξει ότι υφίσταται η μαγική τέχνη ή η μαγγανεία. Περιγράφει με λεπτομέρεια πως ο Διάβολος και οι ακόλουθοί του, οι μάγισσες, διαπράττουν μια ποικιλία ανομιών με «την άδεια του Παντοδύναμου Θεού». Αντί να ερμηνευθεί αυτό ως τιμωρία, όπως έκανα πολλές εκκλησιαστικές αρχές της εποχής, οι συγγραφείς του βιβλίου αξιώνουν ότι ο Θεός επιτρέπει αυτές τις πράξεις ώστε ο Διάβολος να μην αποκτήσει απεριόριστη εξουσία και καταστρέψει τον κόσμο.

Ένα μέρος αυτής της ενότητας εξηγεί γιατί οι γυναίκες, λόγω της πιο αδύναμης φύσης και της κατώτερης νοημοσύνης τους, υποτίθεται ότι είναι από τη φύση τους πιο επιρρεπείς στις παγίδες του Σατανά απ' ότι οι άνδρες. Ο ίδιος ο τίτλος του βιβλίου περιέχει το ουσιαστικό maleficarum στο θηλυκό γένος και οι συγγραφείς διατείνονται (λανθασμένα) ότι η λέξη femina (γυναίκα) ετυμολογείται από το fe+minus, δηλαδή «άπιστος».

Το δεύτερο μέρος του Malleus Maleficarum περιγράφει τις μορφές της μαγικής τέχνης καθαυτές. Αυτή η ενότητα εκθέτει λεπτομερώς πώς οι μάγισσες δένουν με μάγια και τους τρόπους με τους οποίους αυτές οι πράξεις μπορούν να προληφθούν ή να θεραπευθούν. Σημαντική έμφαση δίνεται στη Συμφωνία με το Διάβολο, ενώ η ύπαρξη των μαγισσών παρουσιάζεται ως γεγονός. Πολλές από τις αναφορές του βιβλίου σε ξόρκια, συμφωνίες, θυσίες και συνουσία με το Διάβολο αποκτήθηκαν από ιεροεξεταστικές ανακρίσεις εκτελεσμένες από τους Σπρένγκερ και Κράμερ.

Το τρίτο μέρος περιγράφει με λεπτομέρεια τις μεθόδους για τον εντοπισμό, τις δοκιμασίες και την καταδίκη ή την εξόντωση μαγισσών. Τα βασανιστήρια για τον εντοπισμό των μαγισσών θεωρούνται αυτονόητα· αν η κατηγορούμενη μάγισσα δεν ομολογούσε με τη θέλησή της την ενοχή της, θα έπρεπε να βασανιστεί ώστε τελικά να ομολογήσει. Δίνεται στους δικαστές η οδηγία να παροδηγούν την κατηγορούμενη αν είναι απαραίτητο, υποσχόμενοι έλεος σε αν το θύμα ομολογούσε.

Αυτή η ενότητα καλύπτει επίσης το πόσο έγκυρες θα πρέπει να θεωρούνται οι καταθέσεις μαρτύρων και την ανάγκη για την εξαφάνιση των κακόβουλων κατηγοριών. Δηλώνει, όμως ταυτόχρονα, ότι οι φήμες αρκούν για να οδηγήσουν ένα άτομο σε δίκη και ότι αν ο κατηγορούμενο υπεράσπιζε σθεναρά τον εαυτό του αυτό θα αποτελούσε ένδειξη ότι βρισκόταν κάτω από μαγική επιρροή. Αναφέρονται κανόνες για να αποτρέπεται η μαγική επιρροή των αρχών και δίνεται η διαβεβαίωση ότι, ως αντιπρόσωποι του Θεού, οι ιεροεξεταστές είναι θωρακισμένοι από όλες τις μαγικές δυνάμεις.